А с чего Вы решили, что этот документ имеет отношение к Вашему случаю?
СНиП 2.07.01-89* "ГРАДОСТРОИТЕЛЬСТВО.ПЛАНИРОВКА И ЗАСТРОЙКА ГОРОДСКИХ И СЕЛЬСКИХ ПОСЕЛЕНИЙ" : Настоящие нормы и правила распространяются на проектирование новых и реконструкцию существующих городских и сельских поселений и включают основные требования к их планировке и застройке.

Вам необходим СНиП II-35-76 "Котельные установки", Пункт 7. Дымовые трубы.
Встречаются дымовые трубы и внутри помещений))
Так что ставьте с учетом свободного прохода и обслуживания.

А смысл? Не проще ли просто на фундамент? Оно и надежнее и в обслуживании проще. И СНиП прописывает по типовым решениям проектировать.

Чем он это обосновывает? Какой-такой противопожарный разрыв? Это снова из области "градостроительства"?

Ну тогда - во первых: ТКУ никакого отношения к зданиям и сооружениям не имеет. Как следствие СНиП "Градостроительство" на нее не распространяется.
- во вторых: для успокоения совести(своей и ГИПа) сделайте так называемый "разрыв" в 2 метра. Сошлитесь на противопожарные стены и пределы огнестойкости.
Из личного опыта припоминаю проект с модульной котельной на расстоянии 0,5 метра от здания. Ростехнадзор и Главстройэкспертиза никаких замечаний не предоставили.
Все работает и всех радует))

Добавлено (28.04.2009, 12:37)
---------------------------------------------
Из СНиПа "Котельные установки"
1.6.* Для производственных зданий промышленных предприятий допускается проектирование пристроенных, встроенных и крышных котельных. Для котельных пристроенных к зданиям указанного назначения общая производительность устанавливаемых котлов, единичная производительность каждого котла и параметры теплоносителя не нормируются. При этом котельные должны располагаться у стен, где расстояние от стены котельной до ближайшего проема по горизонтали должно быть не менее 2 м.